| Authors | مهدیس کاشانی,زهرا رضوانی |
|---|
| Journal | فصلنـامۀ تازه های بیوتکنـولوژی سلولی ومولکولی |
|---|
| Page number | ۷۸ |
|---|
| Volume number | ۱۶ |
|---|
| IF | ثبت نشده |
|---|
| Paper Type | Full Paper |
|---|
| Published At | 1405/05/03 |
|---|
| Journal Grade | Scientific - research |
|---|
| Journal Type | Electronic |
|---|
| Journal Country | Iran, Islamic Republic Of |
|---|
| Keywords | بیماری پروانه ای| پُلی مورفیسمهای تک نوکلئوتیدی| |CD151 بیوانفورماتیک |
|---|
Abstract
زمینه و هدف: آنتیژنِ ،CD151یک تتراسپانین در هِمیدسموزوم، نقشی کلیدی در حفظِ یکپارچگیِ پوست
دارد. اختلال در این پروتئین میتواند منجر به بیماریِ پروانهایِ سیمپلکس ) (EBSشود. هدفِ این مطالعه، پیشبینیِ
SNPsپُرخطرِ ژنِ CD151و ارزیابیِ تأثیرِ آنها بر پایداری، ساختار و عملکردِ پروتئین با استفاده از رویکردهای
بیوانفورماتیکی بود.
مواد و روشها: SNPsژنِ CD151از dbSNPو توالیِ پروتئین از UniProtاستخراج شدند. ارزیابیِ خطرِ جهش
و ارتباط با بیماری از طریقِ ابزارهای PANTHER ،PolyPhen-2 ،PROVEAN ،SIFTو روشهای تجمیعی مانند
Meta-SNPانجام گرفت. تأثیرِ جهشها بر پایداریِ پروتئین با I-Mutantو MUproو حفاظتشدگیِ توالی با
ConSurfبررسی شد. ساختارِ ثانویه و سهبُعدیِ پروتئین با SOPMA ،NetSurfP-2.0و HOPEو میانکُنشهای
پروتئینی با STRINGو GeneMANIAتحلیل شدند.
نتایج: از میانِ 27پلیمورفیسم، 8جهش بهعنوانِ واریانتهای پُرخطر شناسایی شدند: ،D147N ،R87L ،A81T
G227S ،R178C ، F153C ،A145Dو .G229Sپیشبینیها نشان دادند که این جهشها باعثِ کاهشِ پایداریِ پروتئین،
قرارگیری در نواحیِ حفاظتشده و اختلال در مارپیچِ آلفا میشوند که ساختارِ کلیِ پروتئین را بههم میریزد. همچنین،
موقعیتِ سطحی یا غیرسطحیِ آمینواسیدهای جهشیافته میتواند تعاملهای حیاتیِ پروتئینِ CD151با سایرِ مولکولها را
مختل سازد.
نتیجهگیری: تحلیلهای مبتنیبر محاسبهها و غربالگریهای انجامشده نشان دادند که 8جهشِ کلیدی در ژنِ
CD151بهطورِ بالقوّه بر پایداری و ساختارِ پروتئینِ CD151تأثیر گذاشته و ساختارِ ثانویه و تعاملهای آن را دگرگون
میسازند. این جهشها دارای ارزشِ مرجعیِ مهمی برای مطالعههای آینده هستند. شناساییِ این SNPsپُرخطر، مسیر
را برای طراحیِ پنلهای غربالگریِ مولکولیِ هدفمند در بیمارانِ EBSباز مینماید و میتواند به تشخیصِ زودهنگام
و دقیقتر کمک کند. تأییدِ نهایی این نتایج مستلزمِ مطالعههای بالینی و آزمایشگاهیِ بیشتر است
